La Chiesa di Santo Stefano, così come noi oggi la conosciamo, non fu il primo edificio sacro del quale si ha notizia a Maccagno inferiore.
Una antica tradizione riportata dal Giampaolo vuole che sorgesse allo sbocco del Giona una chiesa dedicata a S. Angelo, distrutta da un incendio o da una piena del fiume.
Ad avvalorare questa tesi, nei documenti più antichi figura dedicata contemporaneamente a S. Stefano e a S. Angelo Michele. Intorno alla fine del XIII sec. (1288-1300) si trova l'elenco delle Chiese e degli altari della diocesi di Milano raggruppati secondo l'ordine alfabetico dei Santi a cui erano dedicati. In questo elenco, si trova elencata invece come esistente nel paese una chiesa dedicata a S. Stefano.
La chiesa attuale fu ricostruita tra il 1761 ed il 1764, ma già nel passaggio in paese di San Carlo Borromeo nel 1574 ci sono tracce della volontà di apportare alcune modifiche alla struttura, con l’apertura di alcune finestre nella parte a meridione, dietro l’Altare maggiore. Si trova traccia di un’altra illustre visita, quella che fece il cardinale Federico Borromeo nel 1596, che riconosceva dei preziosi dipinti raffiguranti il Protomartire, Gesù crocifisso e Sant’Angelo.
Di quel periodo anche il dipinto di maggior valore custodito nel coro, raffigurante la Madonna con il Bambino e opera di Antonio da Tradate, l’artista ticinese che ha lasciato in paese tracce importanti del suo passaggio.
Le cappelle laterali ospitano artistici altari dedicati all'Immacolata con S. Giulio e S. Filippo Neri, dell’Addolorata, del Crocefisso e uno spazio tristemente vuoto che, prima di un furto sacrilego, ospitava l’Ultima Cena, raffigurata da tredici statue lignee di pregevole fattura.
Contrariamente a quanto finora ritenuto, il noto organo proveniente dalla Scala di Milano non è quello conservato nella Madonnina della Punta, ma proprio in S. Stefano. Il prezioso strumento non proviene in effetti dalla Scala di Milano, ma dalla Chiesa soppressa a fine Settecento di S. Maria della Scala, che al celebre teatro ha dato il nome.
Il campanile della Chiesa è del 1639, e in quella data a Maccagno lavorava Carlo Buzzi, architetto della Fabbrica del Duomo di Milano, che soprintendeva al cantiere proprio di S. Stefano.
In una Sacrestia a lato dell’Altare maggiore, certamente parte della Chiesa più antica, troviamo la cappella Zanini. Ecco cosa è stato recentemente ritrovato dallo storico Federico Crimi in una nota proveniente dall'Archivio della Diocesi di Milano, Anno Domini 1678: "Nella chiesa parrocchiale de Santi Stefano et Angelo di Maccagno Imperiali [...] già sono più, e più anni che si ritrova [...] una Capella rustica, ne à verun dedicata; desiderando per la sue devotione Gio. Batta Zanino oriondo di d[etto] luoco à tutte sue spese quella far aggiustare, et abilire, e provederli gli necesarij paramenti" e dedicare a S. Antonio da Padova; la cappella doveva essere destinata a "sepolcro per deposizione della famiglia di detto Zanino".
Testo di Fabio PASSERA